Cechą malarstwa Kowarskiego jest monumentalizm formy. Oprócz malarstwa sztalugowego uprawiał malarstwo ścienne, w tym zespół plafonów na zamku wawelskim. Pod koniec życia zajmował się też rzeźbą. Krytycy sztuki dostrzegają w malarstwie Kowarskiego wpływy rosyjskiej grupy Świat Sztuki. W 1929 wykonał dekorację malarską plafonów w sali Pod Ptakami Zamku Wawelskiego w Krakowie. Wspólnie z Janem S. Sokołowskim otrzymał w konkursie Instytutu Propagandy Sztuki w Warszawie I nagrodę za projekty polichromii wnętrza katedry w Chełmie.
W okresie okupacji niemieckiej przebywał w Skierniewicach. W okresie powojennym kontynuował działalność pedagogiczną w warszawskiej ASP. Zachowując indywidualny styl malarstwa, stworzył kilka obrazów o tematyce społeczno-politycznej, jak „Proletariatczycy” (1948, w zbiorach warszawskiego Muzeum Narodowego).
Zmarł w Konstancinie. Został pochowany na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (Aleja Zasłużonych-1-33)
Małżeństwo W 1936 poślubił Jadwigę Cyrulińską.