W końcowym efekcie kościół przeobraził się w istniejącą dziś budowlę.
Wnętrze bazyliki, z uwagi na liczne rozbudowy, jest stosunkowo zróżnicowane. Stylowo bazylika podzielona jest na dwie części: nawową i absydową, nie tylko przez obecność licznych fresków w transepcie, ale przede wszystkim z uwagi na odmienność typologiczną gotyku. Część nawowa jest przestronna, otoczona galerią, która okrąża również transept.
Polonica W 1592 polscy studenci Uniwersytetu w Padwie zorganizowali się w samodzielną organizację Nacja Polska. Uchwalono wtedy, że należy zbudować w bazylice polską kaplicę z kryptą. Na początku 1593 franciszkanie zarządzający obiektem przydzielili Polakom miejsce w północnej nawie kościoła. Z uwagi na trudności ze zbieraniem funduszy, decyzję o zabudowie wnętrza podjęto dopiero w 1606. Ołtarz i kryptę zaprojektował padewski rzeźbiarz Cesare Bovo. Uroczystość poświęcenia odbyła się w 1607. Kaplicy nadano wezwanie św. Stanisława. Pierwotny ołtarz został rozebrany w 1809. Na jego miejsce ściągnięto używany z przełomu XVII i XVIII wieku z kościoła San Prosdocino. Wewnątrz umieszczono obraz przedstawiający wskrzeszenie Piotrowina autorstwa Pietro Malomby z Wenecji. W 1979 zastąpiono go kolejnym ołtarzem z obrazem Chwała św. Maksymiliana autorstwa Pietro Annigoniego.