W 1984 roku podpisał kontrakt z innym pierwszoligowcem – Borussią Dortmund. Zadebiutował tam 28 sierpnia 1984 w przegranym 1:2 spotkaniu z Bayerem Uerdingen. Przez pierwsze dwa sezony Pagelsdorf pełnił rolę rezerwowego w Borussii. Jej podstawowym graczem stał się od początku sezonu 1986/1987. W Borussii grał do stycznia 1989. Łącznie wystąpił tam w ligowych spotkaniach i zdobył 9 bramek.
W styczniu 1989 odszedł do Hannoveru 96, podobnie jak Borussia występującego w Bundeslidze. W sezonie 1988/1989 zajął z klubem 18. miejsce w lidze i został z nim zdegradowany do drugiej ligi. W Hannoverze grał do końca roku 1989. Wówczas postanowił zakończyć karierę.
Kariera trenerska Po zakończeniu kariery Pagelsdorf został trenerem. Jego pierwszym klubem były rezerwy Hannoveru 96. Trenował je przez rok, a potem przeszedł do trzecioligowego Unionu Berlin. W 1993 oraz 1994 roku prowadzony przez niego Union wygrał rozgrywki Regionalligi, jednak w obu przypadkach nie otrzymał licencji na grę w 2. Bundeslidze z powodu problemów finansowych.
Przed sezonem 1994/1995 przeszedł do drugoligowej Hansy Rostock. Już w pierwszym sezonie zajął z nią 1. miejsce w lidze i awansował do Bundesligi. W ekstraklasie Hansę trenował jeszcze przez dwa sezony.