Podobnie Rosjanie i Niemcy utworzyli flotylle na Wiśle, których jednostki miały nazwy rosyjsko- lub niemieckojęzyczne, nie odegrały one jednak żadnej roli w działaniach bojowych. Po wyzwoleniu Krakowa spod władzy zaborcy austriackiego w dniu 31 października 1918 nastąpiło przejmowanie majątku należącego do armii zaborcy. Płk. Roja, który objął władzę wojskową w Krakowie w dniu 3 listopada wydał rozkaz upoważniający kpt. Władysława Nawrockiego do przejęcia statków należących do austriacko-węgierskiej Flotylli Wiślanej i utworzenia pierwszej w porozbiorowych dziejach Polski jednostki Marynarki Wojennej – Flotylli Wiślanej.
Prawdopodobnie 12 listopada 1918, na bazie jednostek przejętych od Austro-Węgier, z dniem 1 listopada powstała Polska Flotylla Wiślana w Krakowie pod dowództwem kpt. Władysława Nawrockiego, a z jednostek przejętych od Niemców w Warszawie i Modlinie powstała Flotylla Wiślana w Modlinie, dowodzona przez płk mar.