W okresie I wojny światowej msze w kaplicy były sprawowane przez ks. Wojciecha Rogaczewskiego, będącego kapelanem szpitala wojskowego w Kętrzynie. 1 grudnia 1919 placówce w Węgorzewie przydzielony został własny duszpasterz o nazwisku Nieswandt. W mieście mieszkało wówczas 120 katolików, a na terenie powiatu kolejne 280 wyznawców. Kolejnym księdzem pełniącym posługę przy kaplicy został w 1920 ks. Paul Rehnke, a jego następcą mianowano w 1926 ks. Josefa Braunfischa.
18 października 1928 została tu utworzona samodzielna parafia, której proboszczem został ks. Braunfisch. W 1931 na stanowisku zastąpił go ks. Alfons Brocki, pełniący tę funkcję do 1943, kiedy kolejnym proboszczem mianowano ks. Alfonsa Martina.
Parafia funkcjonowała do końca II wojny światowej. W 1947 przez katolików został przejęty ewangelicki kościół św. Piotra i Pawła, gdzie utworzona została nowa parafia, zastępując dotychczasową jednostkę. Kaplica Dobrego Pasterza stała się wówczas podległym jej kościołem rektoralnym.
Dzięki decyzji ks. bp.