Projekt świątyni autorstwa królewskiego okręgowego inspektora budowlanego Ismara Hermanna powstał w 1904 roku. Następnie przekazano go do Berlina, gdzie został zatwierdzony w Ministerstwie Robót Publicznych przez Friedricha Oskara Hossfeldazaprojektował w Bydgoszczy kościół pw. Najświętszego Serca Pana Jezusa – architekta, nadzorcę wszelkich prac w zakresie budownictwa sakralnego na obszarach znajdujących się pod zaborem pruskim. Równolegle, przy udziale tych samych autorów i zatwierdzających zrealizowano projekt dziś już nieistniejącego kościoła ewangelickiego pw. Marcina Lutra dla parafii Szwederowo oraz kościoła ewangelickiego dla parafii Wilczak. Prace przy wznoszeniu i wyposażeniu kościoła ukończono w 1906 roku.
Świątynia służyła niemieckiej gminie kościoła ewangelicko-unijnego do 1945 roku, chociaż najlepsze lata dla rozwoju parafii i zboru zakończyły się już wraz z wybuchem pierwszej wojny światowejw 1939 roku ewangelicy stanowili w Bydgoszczy niecałe 10% ogółu mieszkańców, natomiast dysponowali większą liczbą świątyń, niż katolicy.