W latach 60. część wiernych niezgadzających się z działaniami patriarchy Moskwy postanowiła zerwać więź z Rosyjskim Kościołem Prawosławnym i zwróciła się do biskupa Niemiec Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego poza granicami Rosji o przyjęcie w jurysdykcję. Prośba ta została przyjęta, jednak wobec sprzeciwu części parafian sprawę ponownie rozpatrywał duński Sąd Najwyższy, który uznał przekazanie majątku cerkiewnego za nielegalne i tym samym de facto uniemożliwił zmianę jurysdykcji. Dopiero w 1984, po śmierci dotychczasowego proboszcza cerkwi, zwolennicy Kościoła poza granicami Rosji podstępem opanowali jej budynek, uniemożliwiając nowemu legalnemu proboszczowi cerkwi objęcie parafii. Mimo formalnego zjednoczenia obydwu hierarchii w 2003 spór o parafię w Kopenhadze nadal trwa, zaś zwolennicy tradycyjnej przynależności do Patriarchatu Moskiewskiego założyli cerkiew domową Opieki Matki Bożej, podległą parafii św. Mikołaja Cudotwórcy w Oslo.
Społeczność prawosławna w Danii tradycyjnie skupia mniejszość rosyjską, ale również przybyłych do Danii w celach