Kowalski zagrał w obu meczach barażowych.
Powrót do Wisły i triumf w Młodej Ekstraklasie 170px|thumb|left|Kowalski w barwach Wisły Kraków W sezonie 2007-08 Kowalski zagrał w 18 meczach, w młodej drużynie Wisły Kraków, z którą zwyciężył w rozgrywkach Młodej Ekstraklasy. Na rundą wiosenną sezonu 2007-08 Kowalski został włączony do kadry pierwszego zespołu Wisły Kraków. Swój debiut w pierwszej drużynie Wisły zaliczył 26 lutego 2008 roku w pierwszym meczu ćwierćfinału Pucharu Ekstraklasy z Jagiellonią Białystok. Kowalski wystąpił również w meczu rewanżowym, w którym Wisła pokonała Jagiellonie 5:0.
Debiut w Ekstraklasie i wypożyczenie do Piasta 22 sierpnia 2008 roku Kowalski zadebiutował w Ekstraklasie, w zwycięskim dla Wisły spotkaniu z GKS Bełchatów. 9 stycznia 2009 roku Kowalski został wypożyczony na pół roku z opcją przedłużenia tego okresu do Piasta Gliwice. W drużynie Piasta zadebiutował 15 marca w spotkaniu Ekstraklasy z Arką Gdynia. W sumie w rundzie wiosennej sezonu 2008/2009 Mateusz Kowalski zagrał w 10 meczach Ekstraklasy, w barwach Piasta Gliwice. W tym samym sezonie został również Mistrzem Polski z Wisłą Kraków.
Przejście do Garbarni Kraków .