Spółka zrzesza 70 członków – podmiotów i instytucji posiadających nieruchomości na terenie Międzyodrza. Są to m.in. Zarząd Morskich Portów Szczecin i Świnoujście, Gmina Miasto Szczecin, Zakład Przemysłu Cukierniczego Gryf S.A., PGE Zespół Elektrowni Dolna Odra SA, Izba Celna i inne.
Od początku swego istnienia Spółka Wodna "Międzyodrze" wybudowała i eksploatuje mechaniczno-biologiczną oczyszczalnię ścieków o zdolności oczyszczania 3200 m³/dobę instalację do unieszkodliwiania i odzysku uwodnionych odpadów ciekłych ze statków – odpadów ropopochodnych i ścieków z mycia ładowni. Oczyszczalnia, z przynależnym systemem magistralnej kanalizacji ściekowej o długości ponad 14 km i 36 przepompowniami ścieków, odbiera i oczyszcza ścieki komunalne z terenu portu oraz z okołoportowych rejonów Międzyodrza, na których dominującą funkcją jest działalność przemysłowa i magazynowa. Ponadto na oczyszczalni przyjmowane są ścieki dowożone wozami asenizacyjnymi z miasta i ze statków zawijających do portu. Dostawa ścieków do instalacji do unieszkodliwiania i odzysku uwodnionych odpadów ciekłych odbywa się od strony lądu oraz od strony basenów portowych.