W 2007 roku przeniósł się do austriackiego Red Bull Salzburg. W Bundeslidze pierwszy występ zanotował 11 lipca 2007 w wygranym 4-1 spotkaniu z SCR Altach. Od czasu debiutu jest podstawowym zawodnikiem Salzburga. 22 lipca 2007 w zremisowanym 2-2 pojedynku z Austrią Wiedeń strzelił pierwszego gola w trakcie gry w lidze austriackiej. W 2008 roku wywalczył z klubem wicemistrzostwo Austrii. W sezonie 2008/2009 zdobył z nim mistrzostwo Austrii. W sezonie 2011/2012 zdobył kolejne mistrzostwo Austrii.
W 2013 roku przeszedł do New York Red Bulls. Zadebiutował 4 sierpnia 2013 w wygranym meczu przeciwko Sporting Kansas City (2:3). Natomiast pierwszą bramkę strzelił 20 października 2013, w wygranym spotkaniu (0:3) przeciwko Houston Dynamo. Występował w klubie do końca 2014 roku.
14 lutego 2015 ogłosił zakończenie kariery piłkarskiej.
W 2019 roku został wybrany do historycznej jedenastki RB Salzburg, obok takich zawodników jak Sadio Mane, Kevin Kampl, Naby Keita czy Jonathan Soriano.
Kariera trenerska W latach 2015-2022 był asystentem trenera w New York Red Bulls II.
Kariera reprezentacyjna Sekagya był reprezentantem Ugandy. W drużynie narodowej zadebiutował w 1999 roku.