Wkrótce potem cesarz nakazał Yoshinace pościg za Tairami, chcąc się go pozbyć ze stolicy, ponieważ jego żołnierze pustoszyli miasto.

Kiedy Yoshinaka dowiedział się, że były cesarz sprzymierzył się z jego kuzynem, Yoritomo, wpadł we wściekłość i przejął militarną kontrolę nad Kioto, zmuszając Go-Shirakawę do nadania mu tytułu sioguna i ogłoszenia Yoritomo buntownikiem. W odpowiedzi Yoritomo wydał swoim braciom Yoshitsune i Noriyoriemu polecenie zabicia Yoshinaki.

Yoshinaka został wyparty z Kioto i zabity w bitwie pod Awazu w prowincji Ōmi (obecnie prefektura Shiga) razem z przybranym bratem Shiro (znanym teraz pod imieniem Kanehira). Uwięziony w potrzasku, zamierzał znaleźć ustronne miejsce i sam pozbawić się życia, ale jego koń utknął w zamarzniętym błocie, co dało jego wrogom szansę zbliżenia się i zabicia go.

Yoshinakę pochowano w Ōtsu w prowincji Ōmi. W późnym okresie Muromachi zbudowano świątynię na jego cześć, zwaną Gichū-ji (jej nazwę zapisuje się tymi samymi znakami co imię "Yoshinaka"). Kanehirę również pogrzebano w Ōtsu, ale nie w pobliżu grobu jego przybranego brata.