Oryginalnie hala została wybudowana z przeznaczeniem na przeprowadzenie turnieju judo w czasie Letnich Igrzysk Olimpijskich 1964 oraz miejsce treningów (dōjō) i propagowania tradycyjnych japońskich sztuk walki. Stąd jej nazwa, tłumaczona w języku angielskim jako Martial Arts Hall. Jest ona wykorzystywana także do różnych imprez, spotkań o charakterze masowym, w tym także jako miejsce nagrywania albumów i koncertów "Live at Budokan".
Historia prawzoru W 739 roku mnich buddyjski Gyōshin zbudował świątynię o nazwie Jōgūō-in jako pomnik ku czci księcia Shōtoku (Jōgūō to inne z wielu imion księcia). Sanktuarium powstało w miejscu, gdzie pierwotnie stał jego pałac o nazwie Ikaruga, zbudowany w 601 roku. Centralnym punktem stał się ośmiokątny Yumedono (Pawilon Snów, Pawilon Wizji, Pawilon Objawień), obecnie jeden z najstarszych obiektów tego rodzaju w Japonii. Wewnątrz znajduje się m.in. naturalnej wielkości posąg księcia Shōtoku. Statua, ukryta i starannie przechowywana przez wieki, przetrwała w doskonałym stanie do dziś, zachowując nawet oryginalne złocenie.