Departament bydgoski miał początkowo obejmować tereny dawnych Prus Zachodnich włącznie z powiatem chojnickim i wałeckim, ale po decyzjach traktatu w Tylży, które odłączyły od Księstwa tereny Pomorza Gdańskiego – objął on ostatecznie dziesięć powiatów: 4 z dawnego Obwodu Nadnoteckiego, 3 kujawskie i 3 z ziemi chełmińskiej, włącznie z miastem Toruniem. Od września do grudnia 1807 r. mieszczanie z Torunia podejmowali działania, które miały na celu uniezależnienie tego miasta od departamentu bydgoskiego, ale nie przyniosły one pozytywnych rezultatów.
Na czele departamentu bydgoskiego (od 1808 r.) stał prefekt Antoni Gliszczyński – czynny polityk z okresu Sejmu Wielkiego, uczestnik insurekcji kościuszkowskiej, zdolny organizator.
Fakt stołeczności administracyjnej miał niewątpliwy wpływ na dalszy rozwój miasta, gdyż Bydgoszcz stała się siedzibą wielu departamentowych organów administracyjnych, skarbowych, policyjnych i sądowych. Nastąpiło ożywienie społeczno-gospodarcze oraz rozwój życia umysłowego.