Wskutek zarazy przywleczonej przez wojska zginęła połowa mieszkańców miasta.
Nowy okres stabilizacji, a nawet pewnego rozwoju Bydgoszczy nastąpił w II połowie XVII wieku, kiedy w okolicy panował względny spokój. Bydgoszcz ponownie nabrała wyglądu sporego miasta, utrzymującego się z wiślanego handlu, rzemiosła i piwowarstwa, aczkolwiek nie była w stanie uzupełnić strat demograficznych. Wskutek załamywania się handlu zbożowego w Gdańsku, stopniowemu ograniczeniu ulegał handel spławnyCzesław Biernat. Apogeum handlu gdańskiego w pierwszej połowie XVII w. Zapiski historyczne Towarzystwa Naukowego w Toruniu XXXVI Rok 1971 z. 4.. Mieszczanie nie dopuścili jednak do konkurencji handlowej szlachty („walka o wolny brzeg”) oraz wystarali się u króla Michała Korybuta Wiśniowieckiego o nowe przywileje handlowe, m.in. dotyczące zwolnienia z cła od „piwa i garnków” na komorze celnej w Fordonie, pobierania opłat na naprawę dróg i mostów od tranzytu podwodami, prawa do dodatkowych jarmarkówZenon Guldon: Rozwój uprawnień handlowych Bydgoszczy w XVI-XVII w. Prace Komisji Historii t. III: Bydgoskie Towarzystwo Naukowe. Prace Wydziału Nauk Humanistycznych. Seria C: 1966.. Nowe przywileje i ulgi umożliwiły wzbogacenie mieszczan i częściową odbudowę miasta, aczkolwiek na wydźwignięcie z ruin najważniejszych budowli (np.