W 1582 pobór podatkowy zapłacił kasztelan konecki Marcin Ostroróg Lwowski.
Przez 250 lat Chojno było w posiadaniu rodziny Ostrorogów, następnie Potockich herbu Pilawa oraz Radziwiłłów, a następnie Sapiehów. W 1737 r. Marianna Sapieha sprzedała ostrorowczyznę wraz z Chojnem Kwileckim z Kwilcza. Podczas I rozbioru Polski Chojno stało się wsią przygraniczną z Prusami. Wskutek II rozbioru Polski w 1793, miejscowość przeszła pod władanie Prus i jak cała Wielkopolska znalazła się w zaborze pruskim.
Pierwsi osadnicy holenderscy pojawili się w latach 1692–1737, po których zostały charakterystyczne cmentarze ewangelickie. Po klęsce Napoleona w Rosji w 1812 r. przez Chojno przeszła część jego wojsk, czego dowodem pozostała mogiła zbiorowa. Wielu chojnian brało czynny udział w pierwszej i drugiej wojnie światowej.
W roku 1902 w Chojnie założono OSP. W 1928 zakończono budowę kościoła Chrystusa Króla.
Po zakończeniu II wojny światowej Chojno i jego okolica za sprawą mieszkańców zaczęły odradzać się. W styczniu 1963 r. nastąpił podział sołectwa Chojno na trzy odrębne: Chojno-Wieś, Chojno-Młyn, Chojno-Błota, który obowiązuje do dziś.
W latach 1996–2001 w Chojnie znajdował się urząd pocztowy z kodem 64-513.