Zespół portowy jest położony w delcie Renu-Mozy-Skaldy i ciągnie się od centrum Rotterdamu pomiędzy kanałami i ramionami ujściowymi w kierunku zachodnim do Morza Północnego i Massvlakte, która jest najnowszą wybudowaną częścią portu w Rotterdamie. Całkowita powierzchnia zespołu portowego wynosi 10 500 ha. Port rozciąga się wzdłuż kanału Nieuwe Waterweg na czterdziestokilometrowym odcinku od miasta Rotterdam do Maasvlakte.
Przez port przebiega kilka głównych torów wodnych. Port składa się z kilkunastu kanałów i kilkudziesięciu basenów portowych. Można wyróżnić następujące części portu: historyczny port w centrum Rotterdamu, Delfshaven, zespół Maashaven/Rijnhaven/Feijenoord, porty Nieuw-Mathenesse; Waalhaven; Vondelingenplaat; Eemhaven; Botlek; Europoort.
Warunki nawigacyjne Maksymalna głębokość w porcie wynosi 24 m. Port Rotterdam ma możliwość przyjęcia największych statków świata – w tym celu pogłębiono tor wodny Eurogeul do głębokości 23 m i wydłużono do 57 km.