Po wprowadzeniu demokracji w Nepalu w 1990 został ministrem rolnictwa, leśnictwa i środowiska w rządzie premiera Krishny Prasad Bhattaraia. W 1991 został po raz pierwszy wybrany w skład parlamentu. W wyborach w 1994 oraz 1999 uzyskiwał reelekcję. W 1997 pełnił funkcję ministra informacji i komunikacji w rządzie premiera Lokendry Bahadur Chanda.
Po rozwiązaniu rządu przez króla Gyanendrę 1 lutego 2005 ponownie zaangażował się w podziemną działalność polityczną w ramach antymonarchistycznego Sojuszu 7 Partii. 3 lutego 2005 został p.o. sekretarza generalnego Komunistycznej Partii Nepalu (Zjednoczenie Marksistowsko-Leninowskie) (KPN (ZM-L)).
Po rezygnacji z funkcji sekretarza generalnego KPN (ZM-L) przez Madhava Kumar Nepala w kwietniu 2008 Khanal zastąpił go na tym stanowisku. 24 lutego 2009 został wybrany przewodniczącym partii.