W sezonie 2002/03 menadżerem zespołu był Terry Eames. The Dons zakończyli rozgrywki na 3. pozycji w tabeli z czteropunktową stratą do miejsca gwarantującego awans do wyższej ligi. Średnia widzów na stadionie Kingsmeadow wyniosła 3003 widzów i była większa od frekwencji zanotowanej na Selhurst Park, gdzie swoje mecze rozgrywała wciąż występująca w Nationwide Division One drużyna Wimbledonu F.C..
W drugim sezonie występów w Premier Division Combined Counties League, AFC Wimbledon, do 10 stycznia 2004 roku zanotował 21 zwycięstw z rzędu. W lutym, z powodów dyscyplinarnych zwolniono Eamesa, a jego miejsce tymczasowo zajął Nicky English. Pierwszy mecz pod wodzą nowego szkoleniowca zakończył się zwycięstwem The Dons 9:0. Ostatecznie zespół zajął 1. miejsce i awansował do Isthmian League First Division. W tym samym roku drużyna zwyciężyła w rozgrywkach o Premier Challenge Cup.
W maju 2004 roku nowym menadżerem Wimbledonu został Dave Anderson. Trzy miesiące później zespół po raz pierwszy przystąpił do rozgrywek o Puchar Anglii osiągając trzecią rundę kwalifikacyjną. W sezonie 2004/2005 The Dons ukończyli rozgrywki ponownie na 1. miejscu i po raz drugi z rzędu uzyskali promocję. Drużyna wygrała także turniej o Surrey Senior Cup.