23 marca 2003 roku UE ustanowiła specjalnego przedstawiciela dla Mołdawii, którym został Rumun Adriaan Jacobovits de Szeged (od 1 marca 2007 r. stanowisko to piastuje Węgier Kálmán Mizsei). W sporze o Naddniestrze UE stoi po stronie Mołdawii, czego przejawem było ustanowienie w 2003 r. zakazu wydawania wiz wjazdowych na teren UE przywódcom Naddniestrza. Unia stara się pomóc rozwiązać konflikt wspierając wysiłki OBWE, jednak żąda wycofania rosyjskich składów amunicji. Od 2005 r. UE jako obserwator bierze udział w rozmowach pokojowych wraz z Mołdawią, Naddniestrzem, Ukrainą, Rosją, OBWE i USA (jako obserwator), jednak w 2006 roku nastąpił zastój w rozmowach.

7 listopada 2005 roku na mocy wspólnego działania UE ustanowiła Misję Pomocy Granicznej dla Mołdawii i Ukrainy, której zadaniem była pomoc w kontroli na granicy z Naddniestrzem. Została ona ustanowiona na 2 lata i brali w niej udział strażnicy z większości krajów UE.

6 października 2006 roku UE otworzyła delegację Komisji Europejskiej w Kiszyniowie.

Od maja 2009 roku Mołdawia jest członkiem Partnerstwa Wschodniego.

27 czerwca 2014 Mołdawia podpisała umowę stowarzyszeniową z UE.