Od strony lądu porty w Szczecinie i Świnoujściu skomunikowane są infrastrukturą transportu drogowego (DK 3/S3, A6), kolejowego (CE 59, E59) oraz wodnego – śródlądowego (E30).
Położenie Port morski Szczecin jest położony w zachodniej części woj. zachodniopomorskiego, w środkowej części Szczecina, w dzielnicy Śródmieście.
Znajduje się w odległości ok. 37 Mm (68 km) na południe od Zatoki Pomorskiej i ok. 6 Mm (11 km) od Zalewu Szczecińskiegowedług Geoportal.gov.pl, od stacji nautycznej (ujście Odry do Roztoki Odrzańskiej) do południowego cypla Wyspy Żurawiej – liczone torem wodnym (nie w linii prostej).
Port morski Szczecin jest usytuowany nad Odrą i kanałami osiedla Międzyodrze-Wyspa Pucka. Położony jest w zachodniej części Pobrzeża Szczecińskiego, w północnej części Doliny Dolnej Odry na Międzyodrzu. W skład portu wchodzą akweny będące odgałęzieniami Odry i kanałami: Przekop Mieleński, Kanał Grabowski, Duńczyca, Kanał Wrocławski, Parnica, Kanał Dębicki oraz jezioro Dąbie.