W okresie II wojny światowej SN było jednym z 4 głównych konspiracyjnych stronnictw politycznych które działało pod kryptonimem „Kwadrat”. Było reprezentowane, do czerwca 1941 w rządzie RP na uchodźstwie przez – Władysława Folkierskiego i Zygmunta Berezowskiego oraz w Delegaturze Rządu RP na Kraj i w Politycznym Komitecie Porozumiewawczym.
Kwadrat postulował model Polski narodowej i bezklasowej. Opowiadał się za walką z Niemcami, wyparciem z Polski obcego kapitału, uspołecznieniem własności przez udział robotników w przedsiębiorstwach, przebudową ustroju rolnego oraz za znacznym przesunięciem zachodniej granicy. Zwalczał wpływy komunistyczne w Polsce. W październiku 1939 na konspiracyjnym posiedzeniu, zarząd główny SN powołał Narodową Organizację Wojskową. W 1942 część kierownictwa politycznego Kwadratu wystąpiła z inicjatywą podporządkowania NOW dowództwu AK, co spowodowało rozłam w SN i NOW. Działacze opozycyjni wraz z Organizacją Wojskową Związek Jaszczurczy utworzyli we wrześniu 1942 Narodowe Siły Zbrojne. W listopadzie 1942 doszło do scalenia NOW z AK.