Zawierały także wiedzę w takich dziedzinach, jak m.in.: medycyna, farmacja, żywność, astronomia, meteorologia, wytwarzanie czarnego prochu.
W spokojnym okresie Edo (1603–1868) dynamicznie rozwijającej się kultury, przeciętna osoba nie miała zwykle możliwości zobaczyć ninja w akcji. W rezultacie ich obraz został ukształtowany poprzez popularne powieści i teatr. Dwa główne wzory narracji, w których głównym bohaterem jest ninja to: (1) przenikanie do jakiegoś obiektu za pomocą sztuki ninjutsu, kradzież skarbu i powrót z nim, (2) poprzez magiczną sztukę ninjutsu, próba obalenia czyjejś władzy lub przejęcia czyjegoś dziedzictwa.
Obecnie ninja jest zwykle przedstawiany jako postać odziana na czarno, rzucająca shuriken. Jednak od początku okresu Edo do połowy XVIII wieku przedstawiano ich w normalnych ubraniach ludności cywilnej tamtych czasów. Od połowy XVIII wieku sztuki teatralne zaczęły przedstawiać tajnych wojowników w czarnych strojach i maskach podczas rzucania shuriken (czyniono tak, aby wyjaśnić widzom, że graną postacią jest ninja). Od początku XIX wieku ten sam strój stał się również popularny w powieściach. W okresie Edo byli oni zwykle przedstawiani jako osoby złe i nikczemne, ale w okresie Taishō (1912–1926) wydawnictwo „Tatsukawa Bunko” wprowadziło raczej heroiczny wizerunek ninja w postaci Sasuke Sarutobi.