Ceremonię ślubną powtórzono 3 września 1719, we włoskim Montefiascone, w katedrze Świętej Małgorzaty. Maria Klementyna i jej małżonek zostali zaproszeni do Rzymu przez samego papieża Klemensa XI, który tytułował ich (katolickimi) władcami Anglii, Szkocji i Irlandii. Małżeństwo Marii Klementyny okazało się nieszczęśliwe, źródłem konfliktu były różnice poglądów na wychowanie synów, a być może także na temat roli i pozycji małżonki króla. Po urodzeniu drugiego dziecka, pogrążona w depresji, opuściła męża i synów. Zamieszkała w klasztorze św. Cecylii w Rzymie, gdzie poświęciła się modlitwie i ascezie. Wkrótce zmarła i została pochowana w podziemiach bazyliki św. Piotra na Watykanie. W samej bazylice znajduje się monument poświęcony Marii Klementynie, który papież zamówił u Canovy, a inskrypcja brzmi: Maria Klementyna, królowa Wielkiej Brytanii, Francji i Irlandii.
Maria Klementyna i Jakub Stuart mieli dwóch synów: Karola Edwarda Stuarta (31 grudnia 1720 – 31 stycznia 1788), Henryka Benedykta Stuarta (11 marca 1725 – 13 lipca 1807), kardynała. Mąż i obaj synowie byli jakobickimi pretendentami do tronu Anglii i Szkocji.