Kaplica ozdobiona jest freskami Agnola Gaddiego z 1385. kaplica Baroncellich z freskami Taddea Gaddiego i obrazem Giotta – Koronacja Marii, kaplica Medyceuszów, zaprojektowana przez Michelozza, z płaskorzeźbą Donatella i rzeźbami Andrei della Robbia, kaplica Veluttich ozdobiona freskami przypisywanymi Cimabuemu, kaplica Peruzzich i Bardich z freskami Giotta przedstawiającymi życie św. Jana Ewangelisty i św. Franciszka z Asyżu oraz drewnianym krucyfiksem Donatella, kaplica Tosinglich z freskiem Giotta Wniebowzięcie, kaplica Pulcich z freskami Bernarda Daddiego, kaplica Salvatich - znajduje się w niej nagrobek córki Izabeli Czartoryskiej, Zofii Zamoyskiej z Czartoryskich, zmarłej w 1837 roku. Pomnik wykonał Lorenzo Bartolini. Obok znajduje się nagrobek Zofii Cieszkowskiej z Kickich w formie brązowych "drzwi śmierci", wykonany w latach 1870-72 przez mieszkającego we Florencji poetę i rzeźbiarza Teofila Lenartowicza. Jego dziełem jest również znajdująca się w tym kościele płaskorzeźba – epitafium Włocha Stanislao Bechiego, powstańca styczniowego, przedstawiająca moment jego egzekucji przez Rosjan (1882) we Włocławku.
Wejście do zakrystii zdobi portal Michelozza. Wewnątrz znajduje się kaplica Riuncinich z freskami Giovanniego da Miliano ukazującymi sceny z życia Magdaleny i Marii.