W styczniu 1940 został zwolniony z pracy w uniwersytecie (wraz z większością polskich profesorów i młodszych pracowników naukowych Wydziału Prawa). Przywrócony ponownie jesienią 1940. W latach 1940–1941 wykładał prawo cywilne skupiając się na wybranych zagadnieniach z radzieckiego prawa zobowiązań. thumb|240px|Lwów, ul. Karpińskiego 11. Dom rodziny Longchamps de Berier, z którego na rozstrzelanie hitlerowcy zabrali w dniu 3 lipca 1941 r. prof. Romana Lonchamps de Berier z trzema synami: Bronisławem, Kazimierzem i Zygmuntem
Mord profesorów lwowskich Kilka dni po wkroczeniu do Lwowa wojsk niemieckich, w nocy z 3 na 4 lipca 1941, został wraz z trzema dorosłymi synami aresztowany przez hitlerowców. Tej samej nocy, po brutalnym przesłuchaniu w bursie Abrahamowiczów, został zamordowany przez Niemców na Wzgórzach Wuleckich we Lwowie wraz z trzema synami: Bronisławem i Zygmuntem, absolwentami Politechniki Lwowskiej, oraz Kazimierzem, absolwentem liceum. Z masakry ocalała żona Aniela oraz najmłodszy, 13-letni syn Jan. W czasie okupacji niemieckiej pracowali oboje w Instytucie Badań nad Tyfusem Plamistym prof. Rudolfa Weigla), co dawało skromne środki na utrzymanie.