Jego karierę polityczną przerwała seria afer łapówkarskich (tzw. Tangentopoli), która w połowie lat 90. doprowadziła do upadku większości partii politycznych. Sam Paolo Cirino Pomicino był oskarżany w procesach karnych. Ostatecznie został skazany na karę roku i ośmiu miesięcy pozbawienia wolności (za korupcję) oraz na wynegocjowaną karę 2 miesięcy pozbawienia wolności (za defraudację funduszy).
Do działalności politycznej powrócił w 2004, kiedy to został wybrany na posła do Parlamentu Europejskiego z ramienia Popolari-UDEUR. Zasiadał we frakcji EPP-ED. Wkrótce opuścił ludowców, przystępując do nowo powołanej Chrześcijańskiej Demokracji dla Autonomii. Z mandatu w PE zrezygnował w 2006, kiedy to w wyborach krajowych wybrano go do Izby Deputowanych XV kadencji. Przewodniczył klubowi posłów DCA-NPSI.
W 2008 zrezygnował z ubiegania się o reelekcję. Po zwycięstwie prawicy i powołaniu nowego rządu, z inicjatywy ministra Gianfranca Rotondiego (będącego jednocześnie liderem DCA) Paolo Cirino Pomicino został nominowany na przewodniczącego jednego z państwowych