Taja legitymizował swoją władzę prezydencką w kolejnych, niespełniających standardów demokratycznych wyborach. Do połowy lat 90. prowadził proiracką politykę zagraniczną, z której zrezygnować musiał na skutek międzynarodowej izolacji kraju po I wojnie w Zatoce Perskiej. W czerwcu 2003 roku miała miejsce próba przewrotu wojskowego, ale została stłumiona.

W sierpniu 2005 roku doszło do puczu wojskowego, który odsunął od władzy Taję. Do marca 2007 roku prezydentem kraju był pułkownik Ili uld Muhammad Fal. Wojskowi podjęli jednak następnie kroki w kierunku demokratyzacji kraju i wyprowadzenia go z izolacji. Wybory prezydenckie w marcu 2007 roku wygrał startujący jako niezależny, ale postrzegany jako popierany przez Wojskową Radę Sprawiedliwości i Demokracji, cywilny polityk Sidi uld Szajch Abdallahi. Uznany był przez społeczność międzynarodową za pierwszego demokratycznie wybranego prezydenta Mauretanii;