usunięty slot nad kadłubem) i poprawioną aerodynamiką, produkowana od 1998 roku, używana przez aerokluby. PZL-104MF Wilga 2000 – wersja patrolowa dla Straży Granicznej. PZL-104MN Wilga 2000 – wersja z 2001 roku. PZL-104MW Wilga 2000 Hydro – odmiana pływakowa Wilgi 2000 oblatana 19 września 1999 roku. PZL-104MA Wilga 2000 – wersja powstała w 2005 roku we współpracy z EADS. Bardziej opływowa maska silnika, wydłużony wał i trójłopatowe śmigło. Uwagę zwracają również płetwa przed statecznikiem pionowym oraz wingletki. Zmieniono również rozkład przyrządów wewnątrz kabiny oraz wzbogacono awionikę. Zmiany te spowodowały poprawę charakterystyk przelotowych (prędkość, zasięg), przy pogorszeniu cech STOL i nieco większym hałasie od zespołu napędowego.
Samolotów Wilga 35 i 80 wyprodukowano 935 sztuk, łącznie wszystkich wersji Wilgi ok. 1000 sztuk. Jest to największa seria samolotu polskiej konstrukcji i produkcji, przed RWD-8 produkowanym w latach 30. XX wieku.