Debiut w meczu międzypaństwowym miał miejsce 7 września w Rotterdamie w meczu z Węgrami, a Cruijff w końcówce spotkania strzelił wyrównującą bramkę. 6 listopada, w swoim drugim meczu w kadrze, przeciwko Czechosłowacji na Stadionie Olimpijskim w Amsterdamie, Cruijff jako pierwszy w historii reprezentant Holandii musiał zejść z boiska po otrzymaniu czerwonej kartki. Poirytowany skutecznymi interwencjami Hrovatha i Popluhara, Cruijff rzucił się na tego drugiego z pięściami, za co został ukarany przez sędziego Glöcknera z NRD. W związku z dyskwalifikacją przez krajową federację następny raz zagrał w reprezentacji dopiero 13 września 1967, strzelając jedynego gola w meczu z NRD. Wcześniej, 7 grudnia 1966 w ćwierćfinale Pucharu Europy Ajax wygrał u siebie z Liverpoolem aż 5:1. Choć drużyna z Amsterdamu poległa w następnej rundzie, to drużyna z Holandii została dostrzeżona na europejskiej arenie. W sezonie 1966/67 Ajax ponownie okazał się najlepszy w kraju zdobywając dublet, a młody napastnik został królem strzelców strzelając 33 gole. Kolejny rok to wygrana stołecznego zespołu w lidze i wyróżnienie Cruijffa jako najlepszego holenderskiego piłkarza. 28 maja 1969 Ajax zagrał w finale Pucharu Europy, w którym przegrał z włoskim A.C. Milan 1-4.