Budowniczy przedwcześnie zmarł, przez co budowa postępowała z problemami.
Wojciech Łochowski – ówczesny radca miejski pozostawił taki opis ratusza w 1636 roku: „Całe miasto jest murem opasane, ma wysoką wieżę na czele rynku, roku 1600 kształtnie postawioną i ratusz ozdobnie murowany. Domy murowane, dachówką pokryte i wytrysk wody na rynku kształtnie urządzony”.
Po wojnach szwedzkich znacznie pogorszył się stan techniczny budynku. W 1671-1675 roku napisano, że wieża ratusza była już „niebezpieczna i do upadku bardzo skłonna”. W 1708 roku ratusz spłonął. W 1753 roku budynek był już tak bardzo zdewastowany, że władze miejskie były zmuszone przenieść siedzibę do budynku narożnego przy ulicy Farnej obok ówczesnego kościoła jezuitów.
W latach 1756–1758 spalona wieża została obniżona i nakryta ołowianym daszkiem. W opuszczonym gmachu piwnice i sale były wydzierżawione na różne cele handlowe i usługowe, służąc jeszcze po przejęciu miasta przez władze pruskie w 1772 roku.
Na poddaszu ratusza w latach 1776–1787 odbywały się nabożeństwa gminy ewangelickiej (do czasu, aż w 1787 roku ukończono budowę pierwszego kościoła ewangelickiego w Bydgoszczy przy ulicy Podwale).