Powrócił do Krakowa, gdzie powrócił do działalności akademickiej, zostając w końcu członkiem Wydziału Lekarskiego. Popadł jednak w konflikt z innymi profesorami wydziału, Grzegorzem Skrobkowicem i Walentym Fontaną, w wyniku którego Petrycy zrezygnował z katedry, zachowując jednak prawa akademickie (1615). Spór dotyczył różnic w poglądach na leczenie i zjawiska chorobowe. Petrycy był metodykiem (za środowiskiem padewskim), uznającym mechanistyczny punkt widzenia, natomiast w Krakowie dominowało tradycyjne stanowisko dogmatyków. W konflikt zaangażowały się władze uczelni, które opowiedziały się po stronie Fontany.
Po wystąpieniu z Wydziału Lekarskiego Petrycy powrócił do zawodu lekarza i przez ostatnie 10 lat życia prowadził z sukcesem praktykę. W 1620 ustanowił Fundację historiografa uniwersyteckiego, którą objął jego starszy syn Jan Innocenty Petrycy, który również został profesorem Akademii Krakowskiej (W dziedzinie medycyny). Petrycy ufundował również dwa stypendia dla ubogich studentów z Pilzna i dokonał testamentowych zapisów na rzecz uniwersytetu.
Twórczość Twórczość Petrycego obejmuje trzy dziedziny: traktaty medyczne (na temat chorób), przekłady Horacego oraz tłumaczenia i komentarze do dzieł Arystotelesa.