Nieudane dla Francuzów okazały się również Mistrzostwa Europy 2004. Drużyna Jacques’a Santiniego w ćwierćfinale została wyeliminowana przez późniejszych triumfatorów turnieju – Greków. W rundzie grupowej Zidane strzelając bramki w 91 i 93 minucie meczu z Anglią zapewnił swojej reprezentacji zwycięstwo 2:1. Zdobył także jednego z goli w zwycięskim spotkaniu przeciwko Szwajcarii, który zakończył się wynikiem 3:1. W 1/4 finału Francuzi musieli jednak uznać wyższość Grecji, która wygrała 1:0, a w drodze po mistrzostwo Europy pokonała jeszcze Czechy oraz Portugalię.
Koniec kariery i powrót Po odpadnięciu reprezentacji Francji z Euro 2004 Zidane postanowił zakończyć reprezentacyjną karierę. W 2005 roku na prośbę trenera drużyny narodowej – Raymonda Domenecha „Zizou” powrócił do reprezentacji by pomóc jej w awansie na Mistrzostwa Świata 2006 i ponownie został wybrany jej kapitanem. Razem z nim do kadry powrócili również Claude Makélélé oraz Lilian Thuram. Pierwszy występ po powrocie Zidane zaliczył 3 września 2005 roku, a Francuzi pokonali wówczas Wyspy Owcze 3:0.