Po przyłączeniu Estonii do ZSRR podjęty został szereg kroków wymierzonych w Estoński Apostolski Kościół Prawosławny: zamknięty został wydział teologiczny uniwersytetu tallińskiego oraz jedyne seminarium duchowne. 23 września 1940 synod Kościoła został zmuszony do zwrócenia się do Patriarchatu Moskiewskiego o ponowne przyjęcie, z zachowaniem statusu cerkwi samorządnej i bez zmian wśród hierarchii. 31 maja 1941 patriarcha Moskwy ogłosił powrót Estońskiego Apostolskiego Kościoła Prawosławnego do Rosyjskiej Cerkwi Prawosławnej. Decyzja ta, potwierdzona w 1945, spotkała się ze sprzeciwem części wiernych oraz metropolity Aleksandra, którzy emigrowali z kraju.
Po upadku ZSRR 54 parafie należące do tej pory do Estońskiego Kościoła Prawosławnego wyraziły wolę przyłączenia się do emigracyjnych struktur podległych patriarsze Konstantynopola. 22 lutego 1996 patriarszy tomos podtrzymał decyzję z 1923 o przyjęciu prawosławnych Estonii pod swoją jurysdykcję. Tymczasowym zwierzchnikiem Estońskiego Apostolskiego Kościoła Prawosławnego został metropolita Finlandii. Decyzja ta spotkała się ze zdecydowanym sprzeciwem Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego.