Struktura Kościoła Zwierzchnikiem Kościoła jest metropolita Tallinna i całej Estonii Eugeniusz (Rieszetnikow). Drugą eparchią Kościoła, narewską (wydzieloną w 2011 z eparchii tallińskiej), kieruje biskup Łazarz (Gurkin)Церковная структураSpis parafii eparchii narewskiej . Na terenie Estonii znajduje się 37 parafii i 1 żeński klasztor, Piuchticki Monaster Zaśnięcia Matki Bożej (od 1990 stauropigialny; podlega bezpośrednio patriarsze moskiewskiemu i całej Rusi (Historia Piuchtickiego Monasteru Zaśnięcia Matki Bożej na jego oficjalnej stronie)).
Historia
Chrześcijaństwo w obrządku wschodnim na terenie dzisiejszej Estonii pojawiło się za sprawą misjonarzy z Nowogrodu i Pskowa w X–XII w. W 1030 wzmiankowana jest społeczność chrześcijan obrządku wschodniego w dzisiejszym Tartu. Wpływy prawosławia zostały ostatecznie zredukowane w XIII wieku po ekspansji zakonu kawalerów mieczowych. W XVII i XVIII w. na teren Estonii uciekło wielu staroobrzędowców. Gwałtowny przyrost ilości prawosławnych nastąpił po aneksji ziem estońskich do Imperium Rosyjskiego. Obszar ten od 1850 należał do eparchii ryskiej.