We wnętrzu świątyni, podobnie jak w kilku innych katedra hiszpańskich, w obrębie nawy głównej wydzielono przestrzeń dla chóru oraz prezbiterium. Sam chór jest otoczony niezwykle ozdobnym murem (tzw. trascoro). Wewnątrz znajdują się stale, nad którymi wznoszą się ogromne, bogato zdobione podwójne organy. W prezbiterium umieszczono imponującą, uznawaną za największą na świecie, nastawę ołtarzową z wieloma polichromowamymi rzeźbami o tematyce biblijnej.
Interesującym dziełem sztuki jest pochodząca z XVI w. czterometrowa monstrancja procesyjna.
Warto zobaczyć Prezbiterium – zbudowane (zgodnie z pozostawioną inskrypcją na tronie królewskim) w 1478 przez Nufro Sáncheza. 117 stalli wykonanych zostało z dębu i jodły w stylu łączącym elementy gotyku, mudejaru i plateresco. Na oparciach stalli dolnych umieszczony jest wizerunek Giraldy w formie, w jakiej była jeszcze minaretem. Zagłówki natomiast zdobią reliefy przedstawiające sceny biblijne. Całe prezbiterium przykryte jest baldachimem, delikatnie rzeźbionym, z wieloma filigranowymi figurkami. Capilla Mayor, w kaplicy znajduje się główny ołtarz, największy w Hiszpanii (18,2 m szerokości i 27,8 m wysokości). Budowa rozpoczęta w 1482 przez flamandzkiego rzeźbiarza Pietera Dancarta zakończono została dopiero pod koniec XVI wieku.