W 2003 przez problemy finansowe klub został rozwiązany, a trener został bez pracy. Ale już od września 2003 pracował na stanowisku trenera w FK Mikołajów, a od kwietnia 2004 w Nywie Winnica. Kiedy w 2004 został reaktywowany klub w Oleksandrii został ponownie zaproszony prowadzić ten klub. Od 2006 do czerwca 2010 pracował na stanowisku trenera azerskiego klubu Simurq ZaqatalaНиколаевские новости Роман Покора в Азербайджане. Na początku września 2010 objął stanowisko głównego trenera Enerhetyka BursztynUA-Футбол. Прес-конференція з новим тренером "Енергетика" Романом Покорою. A po trzech meczach 28 września 2010 przeniósł się do Heliosu CharkówUA-Футбол. Роман Покора – новый главный тренер "Гелиоса". 16 kwietnia 2011 po serii nieudanych meczów został zwolniony z zajmowanego stanowiskaUA-Футбол. Роман Покора и его помощники уволены.