Ekologia i zachowanie thumb|240px|lewo|Jajo z kolekcji muzealnej Biotop Osiedlają się tuż przy brzegach jezior, na bagnach i w lagunach. Pokarm W naturze żywią się głównie roślinami wodnymi, owadami oraz ikrą ryb. Lęgi Lęgi wypadają na koniec jesieni i zimę. Jaja Samica składa 4–8 jaj, wysiaduje je przez 36–40 dni. Samiec nie pomaga w wysiadywaniu, ale za to broni swoją partnerkę. Pisklęta Pisklęta są inne niż ich rodzice: ich szyja jest brązowo-szara, a nogi i dziób szare. Gdy są jeszcze bardzo młode, rodzice troskliwie się nimi zajmują, m.in. „przewożą” na swoim grzbiecie.

Status zagrożenia Międzynarodowa Unia Ochrony Przyrody (IUCN) uznaje łabędzia czarnoszyjego za gatunek najmniejszej troski (LC – Least Concern) nieprzerwanie od 1988 roku. W 2023 roku organizacja Wetlands International szacowała liczebność światowej populacji na 25 900 – 101 800 osobników (co przelicza się na 17 300 – 67 900 osobników dorosłych), zaś jej trend oceniła jako stabilny.

Hodowla Łabędzie czarnoszyje są chętnie hodowane z powodu swojego oryginalnego wyglądu. Ich wybieg powinien być wyposażony w oczko wodne.