Rafał Gikiewicz zdobył z Jagiellonią Białystok Puchar Polski 2009/2010. Przed końcem meczu 1/8 finału z Arką Gdynia obronił rzut karny przy stanie 0:0 i dzięki temu zespół mógł rozegrać dogrywkę. W półfinale obronił karnego wykonywanego przez Huberta Wołąkiewicza – piłkarza Lechii Gdańsk.
30 sierpnia 2010, dwa dni przed zamknięciem okienka transferowego Gikiewicz zdecydował się wrócić do rodzinnego Olsztyna, gdzie w tamtejszym drugoligowym Stomilu Olsztyn miał występować przez rok na zasadzie wypożyczenia.
Jednak już po pół roku, 10 stycznia 2011 Gikiewicz podpisał czteroipółletni kontrakt ze Śląskiem Wrocław. W sezonie 2011/2012 ze Śląskiem wywalczył mistrzostwo Polski. 8 kwietnia 2014 rozwiązał kontrakt z klubem.
17 kwietnia 2014 podpisał kontrakt z Eintrachtem Brunszwik, ważny do 30 lipca 2016. Na początku sierpnia 2016 został zawodnikiem SC Freiburg.