Okręt odbył patrol na Morzu Północnym w pobliżu ławicy Dogger Bank, a następnie uczestniczył w eskorcie konwoju morskiego zmierzającego do Halifaksu (Nowa Szkocja, Kanada). W lutym 1940 wziął udział w poszukiwaniach niemieckiego statku „Altmark” transportującego alianckich jeńców, ale nie odegrał w nich większej roli. Po niemieckiej inwazji na Norwegię w marcu 1940 HMS „Seal” operował u jej wybrzeży. Przeprowadził ryzykowną operację dostania się do portu Stavanger, ale nie znalazł tam jednostek nieprzyjaciela. Rozczarowana załoga powróciła do bazy w Rosyth, unikając ataku torpedowego w miejscu i czasie, w którym U-4 zatopił HMS „Thistle”.
Utrata okrętu Zużycie w trakcie rocznej służby i drobne uszkodzenia spowodowały skierowanie okrętu do stoczni na remont. W międzyczasie okazało się jednak, że miejsce w suchym doku potrzebne jest dla staranowanego siostrzanego HMS „Cachalot”; dodatkowo zaistniała konieczność zastąpienia go w zadaniach minowych. Po dokonaniu najpilniejszych napraw, HMS „Seal” został przydzielony do operacji DF 7, mającej na celu minowanie cieśniny Kattegat pomiędzy wybrzeżami Danii i Szwecji.