Kościół w Siennie zbudowano z cegły, wysoki dach został przykryty czerwoną dachówką. Jest budowlą jednonawową, z trójprzęsłowym prezbiterium zamkniętym trójbocznie i czteroprzęsłową nawą główną, nakrytym gotyckimi sklepieniami krzyżowymi. Reprezentuje styl tzw. gotyku nadwiślańskiego. Prawdopodobnie do fasady miano dobudować dwie wieże, które widać na modelu świątyni wyobrażonym na tablicy erekcyjnej. Od strony północnej prezbiterium dobudowano piętrową zakrystię ze sklepieniami kolebkowymi. Świątynia ma wysokie, ostrołukowe okna od strony południowej, a więc od strony miasta. Od północy jest jedynie małe okratowane okienko oraz otwór strzelniczy na piętrze, świadczący o tym, że kościół miał też pełnić funkcje obronne. W części centralnej prezbiterium znajduje się gotycka krypta, w której był pochowany fundator świątyni, Dobiesław Oleśnicki, i jego żona, Katarzyna z Bożydaru.