W połowie roku razem z Nikołajem Budarinem rozpoczęli szkolenie jako podstawowa załoga programu „MKS-1R”. W swoim założeniu była to misja ratunkowa na wypadek problemów z automatycznym połączeniem na orbicie modułów Zarja i Zwiezda. W razie problemów kosmonauci mieli przeprowadzić ręczne dokowanie. 26 lipca 2000 połączenie automatyczne zakończyło się sukcesem i załoga zakończyła pracę. 2000-2001 – był dowódcą załogi rezerwowej 4 ekspedycji na Międzynarodową Stację Kosmiczną. Trenował wspólnie z Edwardem Fincke oraz Stephenem Robinsonem. 2002-2004 – w marcu 2002 Padałka oraz Edward Fincke i Oleg Kononienko zostali przydzieleni do podstawowej załogi 9 ekspedycji na ISS. Na stację mieli się udać na pokładzie wahadłowca. Po katastrofie promu Columbia loty wahadłowców wstrzymano, a załogi przeformowano zmniejszając jednocześnie liczebność stałej załogi do dwóch astronautów. W grudniu 2003 Padałka i Fincke zostali wyznaczeni do załogi rezerwowej 9 wyprawy na ISS i jednocześnie załogi podstawowej 10 stałej załogi stacji. Na początku 2004, na niecałe 3 miesiące przed startem Sojuza TMA-4 postanowiono, że obaj astronauci będą jednak w pierwszym składzie planowanego lotu. 19 kwietnia 2004 wystartowali do blisko 190-dniowej wyprawy.