thumb|left|Maria z Pernsteinu W chwili śmierci matki Anny Wacław III miał już 15 lat, a więc według ówczesnego prawa mógł być już uznany za pełnoletniego. Pomimo tego Jan z Pernsteinu utrzymał swoje rządy regencyjne aż do 9 maja 1545, kiedy to zrezygnował z władzy dopiero w zamian za uzyskane w zastaw dobra frydecko-misteckie. Wcześniej Wacław III ożenił się z córką swego opiekuna, Marią z Pernsteinu. Małżeństwo to zostało zaprojektowane przez dziadka księcia Kazimierza II, a zaręczyny dzieci księcia i możnowładcy nastąpiły jeszcze za życia tego pierwszego 8 września 1528. Od teścia książę cieszyński otrzymał 12 000 złotych węgierskich. Z małżeństwa tego Wacław miał syna, Fryderyka Kazimierza (zmarłego w 1571), oraz dwie córki zmarłe w dzieciństwie, Annę i Zofię.
Po śmierci pierwszej żony w 1566, w roku następnym Wacław III ożenił się z Sydonią Katarzyną, córką księcia sasko-lauenburskiego Franciszka I. Z tego małżeństwa książę miał trzech synów (Chrystiana Augusta i Jana Albrechta zmarłych w wieku niespełna roku, oraz Adama Wacława swojego następcę) i trzy córki (Marię Sydonię wydaną za Fryderyka IV Legnickiego, Annę Sybillę kandydatkę na żonę wojewody siedmiogrodzkiego Zygmunta Batorego i być może trzecią, nieznaną z imienia).