Samolot wznosił się na wysokość 18 tysięcy stóp (ok. 5,5 km), gdy kontroler lotów z Oslo poinformował pilotów o silnym, bocznym wietrze z zachodu. Kontrola lotu zaproponowała zmienić kurs. Wkrótce kontrola w Oslo kazała się skontaktować z Danią, gdyż samolot opuszczał strefę Norwegii. Kontrola lotu z Danii, kazała pilotom wznieść się na wysokość 22 tysięcy stóp (ok. 6,7 km). O godz. 16:38 kontrola skontaktowała się po raz ostatni z lotem Partnair 394. Piloci krótko przed lotem nurkowym zobaczyli przelatujący myśliwiec F-16. Nagle w tylnej części maszyny coś zaczęło potrząsać statecznik pionowy, co spowodowało trzepotanie ogona, maszyna gwałtownie skręciła w lewo i wpadła w lot nurkowy.
O godzinie 16:38 samolot z impetem wpadł do wody. Z 55 osób na pokładzie nikt nie ocalał.
Ofiary katastrofy Ofiarami katastrofy byli pracownicy norweskiego przedsiębiorstwa morskiego Wilhelmsen Lines, którzy lecieli do Hamburga w celu przyłączenia nowego statku do floty.