Okres międzywojenny Po tzw. buncie Żeligowskiego i przyłączeniu Wileńszczyzny do Polski obszar eparchii został przecięty granicą państwową. Wszystkie dekanaty położone w dawnej guberni wileńskiej znalazły się w nowo powołanej eparchii lidzkiej Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego. Sprzeciwiający się autokefalii polskiej biskup wileński Eleuteriusz (Bogojawleński) został aresztowany, a następnie wydalony z granic Polski. W eparchii lidzkiej (potem wileńskiej) znalazły się dekanaty wileński, wileńsko-trocki, brasławski, wilejski, desniański, mołodeczeński, oszmiański, postawski, wołożyński, lidzki, stołpecki i szczuciński. Na ich terenie działały 173 parafie.
Pozostały obszar eparchii działał nadal w dotychczasowej strukturze, obejmując ponad 22 tys. wiernych, głównie narodowości rosyjskiej.
W ZSRR Po włączeniu Litwy do ZSRR doszło do unifikacji eparchii litewskiej. W 1947 władze radzieckie pozwoliły na działanie 60 cerkwi (44 parafialne) oraz pracę duszpasterską 48 kapłanów, nakazały jednak zamknąć seminarium duchowne w Wilnie. Nadal istniały dwa monastery – męski i żeński w Wilnie.