Historia Cerkiew Świętych Niewiast Niosących Wonności została wzniesiona na początku XX wieku. Jej fundatorem był Andriej Diejkun, prezes miejscowej izby skarbowej i starosta parafii przy soborze Podwyższenia Krzyża Pańskiego w Lublinie, który pragnął poprzez budowę świątyni upamiętnić swoją zmarłą małżonkę. Przekazał on na ten cel 12 tys. rubli. Ceremonia położenia kamienia węgielnego pod świątynię odbyła się 3 czerwca 1902. Autorem projektu budowli był inż. Grigorij Artynow, zaś pracami budowlanymi kierował komitet pod przewodnictwem gubernatora lubelskiego Władimira TchorżewskiegoOswiaszczenije kładbiszczenskago chrama w g. Lublinie, „Chołmsko-Warszawskij Jeparchialnyj Wiestnik”, nr 41, r. XXVII (1903), s. 507.. Konsekracji obiektu w dniu 28 sierpnia 1903 przewodniczył biskup lubelski Eulogiusz w asyście archimandryty Dionizego, rektora seminarium duchownego w Chełmie, protojerejów Nikołaja Straszkiewicza i Nikołaja Glinskiego z soboru w Chełmie oraz duchowieństwa z cerkwi lubelskich. Andriej Diejkun nie dożył ukończenia prac budowlanych. Został pochowany w krypcie dwupoziomowej cerkwi, razem z żoną. W cerkwi pochowano również gubernatora lubelskiego Władimira Tchorżewskiego.
Cerkiew od początku pełniła funkcje kaplicy pogrzebowej.