Życie prywatne Petlura był wujem prawosławnego duchownego Mścisława, 6 czerwca 1990 obranego patriarchą Kijowa i całej Ukrainy w niekanonicznym wówczas Ukraińskim Autokefalicznym Kościele Prawosławnym.
Kontrowersje Symon Petlura uchodzi za postać kontrowersyjną. Jest to związane z wielką falą pogromów Żydów, mających miejsce w okresie jego rządów w Ukraińskiej Republice Ludowej.
W latach 1918–1921, w 524 ukraińskich miejscowościach, odnotowano łącznie 1236 brutalnych ataków na Żydów. Ustalono, że wśród nich 493 dokonali żołnierze Ukraińskiej Republiki Ludowej, 307 to efekt działań innych, niezależnych dowódców ukraińskich, 213 dokonały oddziały Antona Denikina, 106 dokonała Armia Czerwona, a za 32 odpowiada Wojsko Polskie. Szacuje się, że w ich wyniku śmierć ponieść mogło nawet do 60 000 osób.
Udokumentowano, że Petlura aktywnie starał się przy wielu okazjach powstrzymywać antyżydowską przemoc, wprowadzając chociażby karę śmierci za dokonanie pogromu. Z drugiej strony, jest oskarżany o to, że nie zrobił wystarczająco dużo, aby powstrzymać antysemityzm.