Sezon 2007 był najlepszym w karierze Hiszpana, w tej serii. W tym czasie dwunastokrotnie dojechał na punktowanym miejscu, z czego pięć razy na podium (w tym trzy zwycięstwa). Uzyskane punkty sklasyfikowały na go na wysokim 5. miejscu.
Po obiecującym roku, w kolejnym Villa nie prezentował najlepszej formy. Podczas gdy jego partner Giorgio Pantano wywalczył tytuł mistrzowski, on tylko pięciokrotnie zdobył punkty, ani razu przy tym nie będąc w pierwszej trójce. Ostatecznie rywalizację ukończył na odległej 17. lokacie. Słabe wyniki doprowadziły do opuszczenia przez Javiera hiszpańskiej ekipy.
W przerwie zimowej podpisał kontrakt z brytyjską stajnią Super Nova Racing, na starty w Azjatyckiej GP2. W ciągu jedenastu wyścigów, trzykrotnie sięgnął po punkty, z czego raz dojechał na trzecim miejscu (w drugim wyścigu w Chinach uzyskał również najszybsze okrążenie). Dorobek dwunastu punktów pozwolił Villi zająć w klasyfikacji 10. pozycję.
Współpracę z zespołem kontynuował w głównym cyklu. W ciągu dwudziestu wyścigów, ośmiokrotnie sięgnął po punkty, w tym trzykrotnie stanął na podium. Podobnie, jak w zimowej edycji, zmagania zakończył na 10. miejscu.