Od połowy lat 90. grajewski „Mlekpol” sukcesywnie powiększał się. W lipcu 1995 r. do struktur „Mlekpolu” włączona została Okręgowa Spółdzielnia Mleczarska w Ełku, w 1999 r. – Spółdzielnia „Kurpianka” w Kolnie, w 2000 – Okręgowa Spółdzielnia Mleczarska w Mrągowie, a w 2002 – „SejnMlek” w Sejnach. Od 1 listopada 2003 roku do „Mlekpolu” należą również OSM w Augustowie i Zambrowie. W styczniu 2005 w struktury Mlekpolu włączona została spółdzielnia Osowa w Bydgoszczy. Każdy z włączonych przez Mlekpol zakładów specjalizuje się w określonej produkcji, co pozwala obniżyć koszty i stwarza możliwość płacenia wyższych cen dostawcom mleka. W kwietniu 2008 roku nastąpiło przyłączenie Spółdzielni Mleczarskiej Somlek w Sokółce posiadającej zakłady produkcyjne w Sokółce i Dąbrowie BiałostockiejSpółdzielnia Mleczarska „Mlekpol” w Grajewie – Krajowy Rejestr Sądowy..
30 września 2008 r. nastąpiło przyłączenie Rolniczej Spółdzielni Mleczarskiej RSM Rolmlecz z Radomia z zakładami produkcyjnymi w Radomiu, Zwoleniu i Gorzowie Wielkopolskim. Do lutego 2013 roku funkcjonował zakład w Augustowie, produkujący Jogurt Augustowski.