Byłe siedziby administracyjnych władz pruskich przekształcono na francuskie Cammer Commision w Kwidzynie i Bydgoszczy.
W mieście utworzono administrację polską oraz powstały oddziały wojska polskiego organizowane przez Amilkara Kosińskiego, przysłanego do Bydgoszczy przez gen. Henryka Dąbrowskiego, przebywającego w PoznaniuKulwieć Róża. Co robił w Bydgoszczy generał Amilkar Kosiński ? [w.] Kalendarz Bydgoski 1971. Pierwszym prezesem kamery w Bydgoszczy został mianowany hrabia Franciszek Skórzewski, jednak od grudnia 1806 r. realną władzę administracyjną sprawował intendent francuski Gondot. Na początku 1807 r. z Bydgoszczy wyszła ofensywa polsko-francuska w kierunku Pomorza oraz Gdańska, zakończona oblężeniem tego miasta.
Zgodnie z decyzją Komisji Rządzącej z 14 stycznia 1807 r., departament bydgoski miał obejmować tereny dawnych Prus Zachodnich znajdujące się na lewym brzegu Wisły, włącznie z powiatem chojnickim, kamieńskim i wałeckim.
Jednakże w wyniku decyzji traktatu francusko-rosyjsko-pruskiego w Tylży 9 lipca 1807 r., do Księstwa Warszawskiego nie włączono terenów Pomorza Gdańskiego, natomiast włączono ziemię chełmińską, ale bez Grudziądza, Łasina i Radzynia Chełmińskiego, które pozostały w granicach zaboru pruskiego.