Według Sereno i Larssona, mający stosunkowo duży nadgarstek i wydłużone, płasko zakończone paliczki kończyn przednich Anatosuchus, mógł wygrzebywać miękkie bezkręgowce lub szukać płazów i niewielkich ryb w płytkich wodach. Całkowitą objętość wewnątrzczaszkową A. minor szacuje się na co najmniej 1964 mm³, a półkuli mózgu na nie mniej niż 561 mm³, co mieści się wśród wartości spotykanych również u współczesnych krokodyli.
Systematyka Według analizy filogenetycznej przeprowadzonej przez Sereno i współpracowników w 2003 roku taksonem siostrzanym dla Anatosuchus jest Comahuesuchus, a oba rodzaje należą do rodziny Comahuesuchidae w ramach monofiletycznej grupy Notosuchia. Hipotezę tę wsparła analiza Alana Turnera z 2006 roku, jednak badania Martinellego (2003) oraz Andradego, Bertiniego i Pinheiro (2006) nie potwierdziły bliskiego pokrewieństwa Anatosuchus z Comahuesuchus i jego zaliczenia do Comahuesuchidae. Według analizy Martinellego (2003) Anatosuchus w ogóle nie należał do Notosuchia, lecz był taksonem siostrzanym do kladu tworzonego przez rodzaj Araripesuchus i rodzinę Peirosauridae;